MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304 chromosome

Total Repeats: 107703

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_011369	TTTC	2	8	3	10	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
2	NC_011369	T	6	6	64	69	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_011369	GGT	2	6	73	78	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
4	NC_011369	CTT	2	6	115	120	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
5	NC_011369	T	6	6	278	283	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_011369	GCC	2	6	369	374	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
7	NC_011369	GGCA	2	8	516	523	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
8	NC_011369	AAT	2	6	564	569	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_011369	GGC	2	6	572	577	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
10	NC_011369	GCC	2	6	591	596	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
11	NC_011369	GGC	2	6	611	616	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
12	NC_011369	CGG	2	6	639	644	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	209547613
13	NC_011369	GC	4	8	753	760	0 %	0 %	50 %	50 %	209547613
14	NC_011369	CAC	2	6	856	861	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	209547613
15	NC_011369	CAA	2	6	880	885	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	209547613
16	NC_011369	TCA	2	6	900	905	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	209547613
17	NC_011369	C	6	6	1023	1028	0 %	0 %	0 %	100 %	209547613
18	NC_011369	GC	3	6	1031	1036	0 %	0 %	50 %	50 %	209547613
19	NC_011369	GCCG	2	8	1054	1061	0 %	0 %	50 %	50 %	209547613
20	NC_011369	CAG	2	6	1073	1078	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	209547613
21	NC_011369	TTC	2	6	1084	1089	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	209547613
22	NC_011369	TGC	2	6	1093	1098	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	209547613
23	NC_011369	CGC	2	6	1122	1127	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	209547613
24	NC_011369	CGC	2	6	1137	1142	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	209547613
25	NC_011369	TCG	2	6	1170	1175	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	209547613
26	NC_011369	GCC	2	6	1205	1210	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	209547613
27	NC_011369	CTG	2	6	1295	1300	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	209547613
28	NC_011369	GCG	2	6	1316	1321	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	209547613
29	NC_011369	CGT	2	6	1345	1350	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	209547613
30	NC_011369	ATG	2	6	1404	1409	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	209547613
31	NC_011369	CGCTGA	2	12	1410	1421	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	209547613
32	NC_011369	ATC	2	6	1451	1456	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	209547613
33	NC_011369	GAC	2	6	1457	1462	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	209547613
34	NC_011369	GAT	2	6	1483	1488	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	209547613
35	NC_011369	TGC	2	6	1518	1523	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	209547613
36	NC_011369	GTC	3	9	1541	1549	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	209547613
37	NC_011369	GCC	2	6	1550	1555	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	209547613
38	NC_011369	TCC	2	6	1665	1670	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	209547613
39	NC_011369	TGC	2	6	1681	1686	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	209547613
40	NC_011369	CCG	2	6	1801	1806	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	209547613
41	NC_011369	TCGA	2	8	1826	1833	25 %	25 %	25 %	25 %	209547613
42	NC_011369	CGA	2	6	1840	1845	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	209547613
43	NC_011369	TCG	2	6	1860	1865	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	209547613
44	NC_011369	CGC	2	6	1880	1885	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	209547613
45	NC_011369	TCG	2	6	1911	1916	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	209547613
46	NC_011369	CCG	2	6	1957	1962	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	209547613
47	NC_011369	CGC	2	6	2019	2024	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	209547613
48	NC_011369	GCC	2	6	2043	2048	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	209547613
49	NC_011369	CGG	2	6	2053	2058	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	209547613
50	NC_011369	TGC	2	6	2076	2081	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	209547613
51	NC_011369	GCG	2	6	2279	2284	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
52	NC_011369	GGA	2	6	2323	2328	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
53	NC_011369	GGC	2	6	2386	2391	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	209547614
54	NC_011369	GGT	2	6	2497	2502	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	209547614
55	NC_011369	CTG	2	6	2510	2515	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	209547614
56	NC_011369	GC	4	8	2570	2577	0 %	0 %	50 %	50 %	209547614
57	NC_011369	CATT	2	8	2593	2600	25 %	50 %	0 %	25 %	209547614
58	NC_011369	CAC	2	6	2626	2631	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	209547614
59	NC_011369	TCG	2	6	2640	2645	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	209547614
60	NC_011369	CCGC	2	8	2658	2665	0 %	0 %	25 %	75 %	209547614
61	NC_011369	TCG	2	6	2703	2708	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	209547614
62	NC_011369	GCA	2	6	2782	2787	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	209547614
63	NC_011369	CTG	2	6	2798	2803	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	209547614
64	NC_011369	GTC	2	6	2834	2839	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	209547614
65	NC_011369	GGGTG	2	10	2872	2881	0 %	20 %	80 %	0 %	209547614
66	NC_011369	CGG	2	6	2926	2931	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	209547614
67	NC_011369	CAC	2	6	2950	2955	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	209547614
68	NC_011369	GGC	2	6	2960	2965	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	209547614
69	NC_011369	TGA	2	6	3048	3053	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	209547614
70	NC_011369	CTT	3	9	3055	3063	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	209547614
71	NC_011369	GCC	2	6	3124	3129	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	209547614
72	NC_011369	GTC	2	6	3143	3148	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	209547614
73	NC_011369	CGC	2	6	3160	3165	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	209547614
74	NC_011369	GC	3	6	3208	3213	0 %	0 %	50 %	50 %	209547614
75	NC_011369	CGC	2	6	3242	3247	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	209547614
76	NC_011369	GAC	2	6	3262	3267	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	209547614
77	NC_011369	CGT	2	6	3277	3282	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	209547614
78	NC_011369	CTG	2	6	3311	3316	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	209547614
79	NC_011369	CCA	2	6	3402	3407	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	209547614
80	NC_011369	CAG	2	6	3482	3487	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	209547615
81	NC_011369	CGA	2	6	3498	3503	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	209547615
82	NC_011369	GCT	2	6	3624	3629	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	209547615
83	NC_011369	CAG	2	6	3673	3678	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	209547615
84	NC_011369	TCG	2	6	3683	3688	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	209547615
85	NC_011369	AGCCG	2	10	3702	3711	20 %	0 %	40 %	40 %	209547615
86	NC_011369	CTC	2	6	3712	3717	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	209547615
87	NC_011369	TCT	2	6	3792	3797	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	209547615
88	NC_011369	CG	3	6	3804	3809	0 %	0 %	50 %	50 %	209547615
89	NC_011369	GCCG	2	8	3813	3820	0 %	0 %	50 %	50 %	209547615
90	NC_011369	GC	3	6	3822	3827	0 %	0 %	50 %	50 %	209547615
91	NC_011369	CCGG	2	8	3891	3898	0 %	0 %	50 %	50 %	209547615
92	NC_011369	CG	4	8	3933	3940	0 %	0 %	50 %	50 %	209547615
93	NC_011369	GAT	2	6	4065	4070	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	209547615
94	NC_011369	GCTT	2	8	4088	4095	0 %	50 %	25 %	25 %	209547615
95	NC_011369	CCGG	2	8	4128	4135	0 %	0 %	50 %	50 %	209547615
96	NC_011369	CG	3	6	4173	4178	0 %	0 %	50 %	50 %	209547615
97	NC_011369	CAT	2	6	4209	4214	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	209547615
98	NC_011369	GCCG	2	8	4218	4225	0 %	0 %	50 %	50 %	209547615
99	NC_011369	ATC	2	6	4243	4248	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	209547615
100	NC_011369	CGAG	2	8	4263	4270	25 %	0 %	50 %	25 %	209547615
101	NC_011369	GCCG	2	8	4282	4289	0 %	0 %	50 %	50 %	209547615
102	NC_011369	GGCA	2	8	4357	4364	25 %	0 %	50 %	25 %	209547615
103	NC_011369	TCA	2	6	4416	4421	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	209547615
104	NC_011369	GCC	3	9	4432	4440	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	209547615
105	NC_011369	CCG	2	6	4485	4490	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	209547615
106	NC_011369	CGC	2	6	4579	4584	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	209547615
107	NC_011369	GCA	2	6	4635	4640	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	209547615
108	NC_011369	CG	3	6	4650	4655	0 %	0 %	50 %	50 %	209547615
109	NC_011369	GGC	2	6	4659	4664	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	209547615
110	NC_011369	GTG	2	6	4687	4692	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
111	NC_011369	CAGG	2	8	4705	4712	25 %	0 %	50 %	25 %	209547616
112	NC_011369	CGC	2	6	4791	4796	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	209547616
113	NC_011369	GCC	2	6	4861	4866	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	209547616
114	NC_011369	GCG	2	6	4869	4874	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	209547616
115	NC_011369	GAC	2	6	4879	4884	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	209547616
116	NC_011369	CGC	2	6	4899	4904	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	209547616
117	NC_011369	GTCC	2	8	4920	4927	0 %	25 %	25 %	50 %	209547616
118	NC_011369	GTGCG	2	10	4959	4968	0 %	20 %	60 %	20 %	209547616
119	NC_011369	CGT	2	6	4978	4983	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	209547616
120	NC_011369	TCGCCA	2	12	5016	5027	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	209547616
121	NC_011369	CG	3	6	5037	5042	0 %	0 %	50 %	50 %	209547616
122	NC_011369	ACC	2	6	5105	5110	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	209547616
123	NC_011369	CGA	2	6	5214	5219	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	209547616
124	NC_011369	CGG	2	6	5229	5234	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	209547616
125	NC_011369	TGGC	2	8	5300	5307	0 %	25 %	50 %	25 %	209547616
126	NC_011369	ACG	2	6	5309	5314	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	209547616
127	NC_011369	GCC	2	6	5425	5430	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	209547617
128	NC_011369	CGCC	2	8	5463	5470	0 %	0 %	25 %	75 %	209547617
129	NC_011369	CATCG	2	10	5488	5497	20 %	20 %	20 %	40 %	209547617
130	NC_011369	GCG	2	6	5550	5555	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	209547617
131	NC_011369	CGG	2	6	5578	5583	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	209547617
132	NC_011369	CAG	2	6	5611	5616	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	209547617
133	NC_011369	GAA	2	6	5635	5640	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	209547617
134	NC_011369	GGC	2	6	5653	5658	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	209547617
135	NC_011369	CGA	2	6	5885	5890	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	209547618
136	NC_011369	CGCCGG	2	12	5894	5905	0 %	0 %	50 %	50 %	209547618
137	NC_011369	GGCT	2	8	5968	5975	0 %	25 %	50 %	25 %	209547618
138	NC_011369	CGC	2	6	5984	5989	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	209547618
139	NC_011369	GGC	2	6	5997	6002	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	209547618
140	NC_011369	TCCA	2	8	6049	6056	25 %	25 %	0 %	50 %	209547618
141	NC_011369	GCC	2	6	6111	6116	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	209547618
142	NC_011369	CGA	2	6	6176	6181	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	209547618
143	NC_011369	GC	3	6	6184	6189	0 %	0 %	50 %	50 %	209547618
144	NC_011369	GCC	2	6	6228	6233	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	209547618
145	NC_011369	GCCG	2	8	6240	6247	0 %	0 %	50 %	50 %	209547618
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149	NC_011369	CAGG	2	8	6396	6403	25 %	0 %	50 %	25 %	209547618
150	NC_011369	TTG	2	6	6499	6504	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
151	NC_011369	GGC	2	6	6520	6525	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
152	NC_011369	ACTT	2	8	6566	6573	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
153	NC_011369	ATC	2	6	6584	6589	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
154	NC_011369	TGC	2	6	6645	6650	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	209547619
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162	NC_011369	TCG	2	6	6869	6874	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	209547619
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239	NC_011369	CTT	2	6	10108	10113	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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256	NC_011369	CAG	2	6	11185	11190	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	209547624
257	NC_011369	CGC	3	9	11271	11279	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	209547624
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259	NC_011369	CCTTGC	2	12	11418	11429	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	209547624
260	NC_011369	GAA	2	6	11437	11442	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	209547624
261	NC_011369	TTG	2	6	11611	11616	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	209547625
262	NC_011369	GGC	2	6	11627	11632	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	209547625
263	NC_011369	GCA	2	6	11791	11796	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	209547625
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265	NC_011369	GCGG	2	8	11817	11824	0 %	0 %	75 %	25 %	209547625
266	NC_011369	TCG	2	6	11849	11854	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	209547625
267	NC_011369	GCC	3	9	11874	11882	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	209547625
268	NC_011369	CCG	2	6	11896	11901	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	209547625
269	NC_011369	CGA	2	6	11909	11914	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	209547625
270	NC_011369	GTCCG	2	10	11946	11955	0 %	20 %	40 %	40 %	209547625
271	NC_011369	CGA	2	6	12044	12049	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	209547625
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294	NC_011369	AT	3	6	12809	12814	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
295	NC_011369	A	6	6	12858	12863	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
296	NC_011369	GGC	2	6	12864	12869	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
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381	NC_011369	GC	3	6	16178	16183	0 %	0 %	50 %	50 %	209547628
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392	NC_011369	GTC	2	6	16776	16781	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	209547629
393	NC_011369	GCTTCG	2	12	16830	16841	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	209547630
394	NC_011369	GAC	2	6	16895	16900	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	209547630
395	NC_011369	CGA	2	6	16963	16968	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	209547630
396	NC_011369	CGC	2	6	16981	16986	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	209547630
397	NC_011369	ATC	2	6	17022	17027	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	209547630
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400	NC_011369	GGC	2	6	17105	17110	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	209547630
401	NC_011369	GCG	2	6	17143	17148	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	209547630
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404	NC_011369	GCGG	2	8	17224	17231	0 %	0 %	75 %	25 %	209547630
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412	NC_011369	GCTGA	2	10	17531	17540	20 %	20 %	40 %	20 %	209547630
413	NC_011369	TCG	2	6	17541	17546	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	209547630
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422	NC_011369	TGT	2	6	17917	17922	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	209547631
423	NC_011369	TTCCGG	2	12	17923	17934	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	209547631
424	NC_011369	TAA	2	6	17947	17952	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	209547631
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452	NC_011369	GCC	2	6	19314	19319	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
453	NC_011369	TCT	2	6	19334	19339	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
454	NC_011369	GGC	2	6	19364	19369	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	209547632
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475	NC_011369	GCA	2	6	20107	20112	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	209547632
476	NC_011369	CGG	2	6	20152	20157	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
477	NC_011369	CTTC	2	8	20174	20181	0 %	50 %	0 %	50 %	209547633
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479	NC_011369	GGT	2	6	20315	20320	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	209547633
480	NC_011369	GGCG	2	8	20375	20382	0 %	0 %	75 %	25 %	209547633
481	NC_011369	ATG	2	6	20383	20388	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	209547633
482	NC_011369	TCGAGA	2	12	20426	20437	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	209547633
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484	NC_011369	GC	3	6	20511	20516	0 %	0 %	50 %	50 %	209547633
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486	NC_011369	CTC	2	6	20565	20570	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	209547633
487	NC_011369	TC	3	6	20662	20667	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
488	NC_011369	GAA	2	6	20683	20688	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	209547634
489	NC_011369	TAA	2	6	20736	20741	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	209547634
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493	NC_011369	GCC	2	6	20875	20880	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	209547634
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497	NC_011369	GGC	2	6	21265	21270	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	209547635
498	NC_011369	GC	3	6	21280	21285	0 %	0 %	50 %	50 %	209547635
499	NC_011369	ACG	2	6	21287	21292	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	209547635
500	NC_011369	TTG	2	6	21305	21310	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	209547635

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